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辽科大赵琪教授在《Briefings in Bioinformatics》上发表环状RNA与疾病综述论文

来源:本站原创    点击数:    加入时间:2021-09-26

 近日,辽宁科技大学计算机与软件工程学院赵琪教授和中国矿业大学人工智能研究院陈兴教授在非编码RNA领域开展合作研究,在牛津大学出版集团旗下刊物《Briefings in Bioinformatics》(IF为11.622,中科院大类一区,TOP期刊)发表题为“Circular RNAs and complex diseases: from experimental results to computational models”的综述论文。我校为第一通讯单位,赵琪教授为第一通讯作者,陈兴教授为共同通讯作者。

 环状RNA是一种特殊的非编码RNA,其缺乏3’和5’末端并通过共价键形成环状结构。很多重要的生物学过程都有环状RNA的参与,例如,调节亲本基因表达,作为微小RNA的海绵,疾病的生物标记物等。近年来,越来越多的研究发现环状RNA与许多复杂的人类疾病发生和发展联系紧密,探究环状RNA与疾病的关联成为生物领域甚至是医疗领域的热门课题。然而,现今科学家主要采用实验方法研究环状RNA与疾病之间的关联,这种实验方法既昂贵又耗费时间。因此,科学家们迫切需要省时省资源的智能算法用于预测环状RNA与疾病之间的潜在关联。在本文中,作者介绍了环状RNA发现、分类和功能,以及四种与环状RNA有关的重要疾病。然后作者介绍了现今环状RNA和疾病有关的数据集,接着以网络算法和机器学习方法为分类,同时介绍了包括赵琪教授提出的用于环状RNA和疾病关联预测的计算模型。最后介绍了不同类型模型的优缺点,并对从深度学习角度构造预测模型提出了新见解。

 此项工作历时一年半完成,这是赵琪教授和陈兴教授获得2020年中国自动化学会自然科学奖二等奖后又一合作研究的重要成果。赵琪自2020年10月调入辽科大以来,以计算机与软件工程学院为第一通讯作者单位发表SCI论文10篇,其中一区3篇;主持横纵向课题3项,还担任了2个SCI期刊副主编,7个SCI期刊编委。(计算机与软件工程学院 供稿)

 

 

编辑:徐文路